ゴーヤの下処理に関して、長年世間で信じられてきた大きな誤解があります。それは「白いワタの部分が猛烈に苦いので、緑色の果肉が見えるまでスプーンで徹底的にこそげ落とすべきだ」という通説です。
しかし、近年の農産物研究やJA全農広報部の解説によって、「白いワタ自体には苦味成分（モモルデシン）はほとんど含まれておらず、苦味の発生源は外側の緑色のイボイボ部分（果皮）である」という事実が広く知られるようになりました。『えん食べ』でも「ワタごとゴーヤのピカタ」が人気レシピとして紹介されているように、ワタにはビタミンCや食物繊維（ペクチン）が豊富に含まれています。
ただし、佃煮を作る場合においては注意が必要です。ワタは苦くはありませんが、スポンジのように水分を大量に吸い込む性質を持っています。ワタを残したまま佃煮にすると、ベチャッとした食感になり、日持ち（保存性）が落ちる原因になります。そのため、佃煮にする際は「苦味を取るため」ではなく、「水っぽさを防ぎ、シャキッとした食感と保存性を高めるため」にスプーンでワタを取り除くのが正解です。緑色の果肉まで深く削り取る必要はまったくありません。
