海の中道エリアは砂州で陸続きになっている地理的特性上、アクセスルートの選定が1日の快適さを大きく左右します。結論から言えば、「平日は車、GWや夏休みなどの特定日はJRまたは高速船」がセオリーです。
車でアクセスする場合、福岡都市高速「香椎浜ランプ」または「アイランドシティランプ」を下りて志賀島方面へ向かいます。水族館専用駐車場の収容台数は約400台（普通車1回530円）ですが、隣接する「国営海の中道海浜公園」の駐車場も含めて、ハイシーズンの午前11時前後には満車となるケースが頻発します。特にアイランドシティから海の中道へ抜ける雁の巣エリアの1本道はボトルネックになりやすく、迂回路が存在しないため、車派は午前9時30分の開館直後を目指して到着することが最大の渋滞回避策です。
一方、公共交通機関は定時性に優れています。JR博多駅から鹿児島本線で香椎駅へ向かい、香椎線（愛称：うみの中道線）に乗り換えて「海ノ中道駅」で下車すれば、徒歩約5分でゲートに到着します。また、観光気分を存分に味わいたいなら、博多ベイサイドプレイスやももち（マリゾン）から発着している「安田汽船・うみなかライン」の利用が魅力的です。船旅約20分で渋滞を一切気にせず到着できるため、遠方からの旅行者を中心に高評価を得ています。
