ベランダやテラスなどの限られたスペースで育てる鉢植えレモンの場合、地植えとは異なるアプローチが求められます。鉢植えは根を伸ばせる土量が制限されているため、放任するとすぐに根詰まりを起こし、地上部とのバランスが崩れて隔年結果（1年おきにしか実がならない現象）に陥りやすくなります。
鉢植えにおける理想の樹形は、主幹を低く抑えて3本前後の主枝を斜め外側に広げる「開心自然形（かいしんしぜんけい）」です。木の中央を盃のように開けることで、限られた鉢土から吸い上げた養分を効率よく分配し、すべての葉に均等に日光を行き渡らせることができます。
具体的な仕立て方として、苗木を植え付けた1年目の春には主幹を鉢底から40〜50cm程度の高さで思い切って切り戻します。そこから発生した元気な春枝の中から、角度の良い3方向の枝を主枝候補として残し、他は摘芯します。2年目以降は、主枝の先端を軽く整える程度に留め、懐から生じる不要な小枝や垂直に伸びる徒長枝をこまめに間引いてコンパクトな樹高を維持します。
また、鉢植えでは「葉果比（ようかひ）」の管理が決定打となります。レモンが1個の果実を成熟させるためには、健全な緑の葉が20〜25枚必要です。強剪定によって葉の総数を減らしすぎると、仮に開花・結実しても樹木自身が危機を察知して幼果をすべて落としてしまいます。葉を減らしすぎない「透かし剪定」を徹底することが鉢植え成功の秘訣です。
